Ustawa o zasadach realizacji zadań finansowanych ze środków europejskich w perspektywie finansowej 2021-2027 oraz Wytyczne dotyczące kontroli realizacji programów polityki spójności na lata 2021-2027 wskazują na szereg kwestii wymagających uregulowania systemowego w zakresie organizacji procesów planowania i raportowania dotyczących kontroli w ramach FEPZ. Celem programowych Zasad dotyczących kontroli realizacji programu regionalnego Fundusze Europejskie dla Pomorza Zachodniego 2021-2027 jest w szczególności standaryzacja systemu kontroli we wszystkich instytucjach systemu wdrażania FEPZ, co oznacza, że obowiązują one Instytucję Zarządzającą FEPZ oraz Instytucję Pośredniczącą.