Nowelizacja ustawy wdrożeniowej z dniem 2 grudnia 2017 r. uchyla Wytyczne programowe. Aby określić  jednolite warunki realizacji Programu Regionalnego m. in. z zakresu kontroli, nieprawidłowości, nadużyć finansowych, wysokości, sposobu i warunków dofinansowania, certyfikacji, zarządzania ryzykiem oraz przechowywania i udostępniania dokumentów, opracowano Zasady IZ RPO. W obszarach nieuregulowanych ww. Zasadami, należy stosować  przepisy ustawy wdrożeniowej oraz wytycznych ministerialnych.